Protein–RNA interactions for Protein: Q9UI33

SCN11A, Sodium channel protein type 11 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,791 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN11AQ9UI33 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 AL139400.1-201ENST00000366220 510 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN11AQ9UI33 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 AC140658.5-201ENST00000438532 169 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 ADRA1A-202ENST00000354550 1765 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN11AQ9UI33 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms