Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 AC093512.1-201ENST00000617969 520 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 ADAMTS17-201ENST00000268070 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 DDX19B-207ENST00000563206 1765 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 BAG1-202ENST00000379704 1128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 AP002414.1-201ENST00000391405 1147 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CLN3Q13286 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.1 ms