Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
SDC1P18827 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 CBSL-202ENST00000617706 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 JKAMP-215ENST00000616435 2338 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
SDC1P18827 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
SDC1P18827 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
SDC1P18827 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ADAMTS7-201ENST00000388820 5490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
SDC1P18827 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
SDC1P18827 SLC47A1-209ENST00000575023 2224 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
SDC1P18827 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
SDC1P18827 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
SDC1P18827 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC16.77■□□□□ 0.27
SDC1P18827 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 WDR90-215ENST00000549091 5589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 TOM1L1-221ENST00000575882 2507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 HIBCH-201ENST00000359678 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ABLIM2-203ENST00000361737 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ZNF623-201ENST00000458270 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms