Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC18.14■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS28Q9UK41 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.4 ms