Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 DAGLB-204ENST00000436575 2385 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 NPRL3-201ENST00000399953 2784 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 KDM6A-212ENST00000543216 5655 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ITSN2-201ENST00000355123 6300 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.9 ms