Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 METTL21A-202ENST00000406927 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 KRTAP5-9-201ENST00000528743 1136 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 MEIS1-AS2-201ENST00000439433 690 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 CD99L2-202ENST00000355149 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 CAMKMT-204ENST00000407131 652 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 AC015911.4-201ENST00000588022 1070 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP54Q70EL1 AL354836.1-201ENST00000414042 681 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.4 ms