Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 BACE1-201ENST00000313005 6326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 RUNX2-201ENST00000359524 5390 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 OR6D1P-203ENST00000641209 4860 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
SYNE3Q6ZMZ3 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 RAB22A-201ENST00000244040 8670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 ASXL1-212ENST00000620121 5374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms