Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG1P18858 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG1P18858 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG1P18858 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG1P18858 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG1P18858 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG1P18858 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG1P18858 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG1P18858 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG1P18858 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG1P18858 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG1P18858 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG1P18858 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG1P18858 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG1P18858 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG1P18858 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
LIG1P18858 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
LIG1P18858 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
LIG1P18858 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
LIG1P18858 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
LIG1P18858 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
LIG1P18858 EZR-202ENST00000367075 3096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
LIG1P18858 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 ZBTB45-202ENST00000594051 2541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 RBPJL-201ENST00000343694 2489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 SORT1-201ENST00000256637 7028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIG1P18858 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 DIP2A-205ENST00000466639 2711 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 ZNF454-201ENST00000320129 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIG1P18858 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIG1P18858 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIG1P18858 HPGD-213ENST00000541923 2920 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIG1P18858 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIG1P18858 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIG1P18858 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIG1P18858 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIG1P18858 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIG1P18858 KIAA1586-203ENST00000545356 2883 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIG1P18858 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIG1P18858 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.1 ms