Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 AC093512.1-201ENST00000617969 520 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 AL359644.1-202ENST00000637541 571 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 CAMKMT-204ENST00000407131 652 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 OVCA2-201ENST00000572195 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 AC016168.1-201ENST00000591422 722 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 CBY1-211ENST00000619293 1118 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 LINC01481-203ENST00000549651 883 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.4 ms