Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 EXD3-201ENST00000340951 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 CNTNAP3-201ENST00000297668 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 NTRK2-207ENST00000376214 5608 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 ITSN2-201ENST00000355123 6300 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 STOX1-201ENST00000298596 3377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 CNTRL-208ENST00000373865 1917 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 FBXO18-203ENST00000397269 3640 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 CLYBL-203ENST00000376355 6771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC42Q96M95 RAB11FIP5-205ENST00000486777 6120 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.7 ms