Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC17.08■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.1 ms