Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 NKAIN2-201ENST00000368416 1106 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AC004771.3-201ENST00000574260 551 ntTSL 4 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 WBP2-203ENST00000433525 928 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 TMEM176B-206ENST00000492607 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 HCFC1R1-203ENST00000572355 610 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 OVCA2-201ENST00000572195 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 BAG1-202ENST00000379704 1128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AP002414.1-201ENST00000391405 1147 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 GSAP-205ENST00000430584 600 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 PNKD-204ENST00000436005 978 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 SIGLEC30P-201ENST00000455569 941 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms