Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43 ms