Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 S100A14-204ENST00000368702 1218 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 S100A14-206ENST00000476873 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AC005391.1-201ENST00000613285 341 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 TFAMP1-201ENST00000412727 736 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 RAB3A-202ENST00000464076 1253 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC9Q9Y3X0 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 BAG1-202ENST00000379704 1128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AP002414.1-201ENST00000391405 1147 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AL627223.1-201ENST00000416693 442 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AL583722.3-202ENST00000554954 486 ntTSL 4 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 SYNGR1-205ENST00000406293 564 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 CNN2P2-201ENST00000443536 909 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 CNN2P3-201ENST00000450201 906 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 DCUN1D5-209ENST00000531543 1030 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AC015911.4-201ENST00000588022 1070 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AL136317.3-201ENST00000618497 906 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.7 ms