Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AC011474.1-201ENST00000582581 2582 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 UNC13A-206ENST00000552293 5314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 CAMK2D-201ENST00000296402 5820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 ASXL1-212ENST00000620121 5374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 91.2 ms