Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 KLC2-201ENST00000316924 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.1 ms