Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AC005104.2-201ENST00000427818 678 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 BX005266.1-201ENST00000473402 457 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms