Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CLN3Q13286 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC16.52■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 MARCH2-206ENST00000601283 747 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 S100A6-205ENST00000496817 673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 AC105339.1-201ENST00000440089 1362 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 AC012617.1-203ENST00000590845 439 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CLN3Q13286 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
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