Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ARHGAP26-202ENST00000378004 9200 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 CHRNB2-201ENST00000368476 5867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HIF3AQ9Y2N7 ZNF281-201ENST00000294740 4891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 ACSL4-201ENST00000340800 5333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HIF3AQ9Y2N7 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.3 ms