Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 AC002472.2-201ENST00000442739 958 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 AF131215.3-201ENST00000532453 639 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 AC244153.1-203ENST00000622796 419 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 LST1-202ENST00000303757 604 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 AL391261.2-201ENST00000554907 773 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 C10orf35-201ENST00000373279 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 OARD1-208ENST00000469104 704 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 AC091053.1-201ENST00000529883 744 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 AC025259.3-201ENST00000564531 542 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 YAP1-211ENST00000629586 1365 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 AL512356.2-201ENST00000546955 174 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 AC004832.1-201ENST00000610936 1005 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 RBP1-207ENST00000619087 516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
NPHP3Q7Z494 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.9 ms