Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
USP53Q70EK8 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.5 ms