Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP39Q53GS9 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms