Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIG1P18858 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIG1P18858 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIG1P18858 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIG1P18858 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIG1P18858 ADAMTS7-201ENST00000388820 5490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 MYB-205ENST00000367814 3302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 FAM120AOS-201ENST00000375412 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIG1P18858 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 NUP153-202ENST00000537253 6030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 KSR1-201ENST00000268763 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 CHRNA7-207ENST00000635884 1975 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 ABLIM2-203ENST00000361737 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIG1P18858 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 PPP3CA-203ENST00000394854 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIG1P18858 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms