Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 AL162311.3-201ENST00000555918 2867 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 PKD1P1-201ENST00000458669 6805 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
SKA3Q8IX90 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.7 ms