Protein–RNA interactions for Protein: Q13485

SMAD4, Mothers against decapentaplegic homolog 4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 552 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMAD4Q13485 AF131215.3-201ENST00000532453 639 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMAD4Q13485 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMAD4Q13485 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMAD4Q13485 AC244153.1-203ENST00000622796 419 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMAD4Q13485 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMAD4Q13485 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMAD4Q13485 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMAD4Q13485 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMAD4Q13485 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMAD4Q13485 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMAD4Q13485 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
SMAD4Q13485 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
SMAD4Q13485 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.5
SMAD4Q13485 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
SMAD4Q13485 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.5
SMAD4Q13485 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 AC016735.2-201ENST00000438736 569 ntTSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 AC021744.1-201ENST00000518354 453 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 AL512356.2-201ENST00000546955 174 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 PPP1R14A-203ENST00000587515 607 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 YAP1-211ENST00000629586 1365 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 ANXA8-203ENST00000583874 1860 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 SPDYE11-202ENST00000450699 704 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 AC069335.1-201ENST00000489972 472 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 SPDYE9P-201ENST00000570642 692 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 AC004832.1-201ENST00000610936 1005 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 SPDYE10P-202ENST00000612005 668 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 SPDYE8P-202ENST00000612377 668 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 CKS1B-202ENST00000368436 820 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 ZSCAN2-205ENST00000379358 906 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 NAGK-205ENST00000443938 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 EEF1AKMT3-204ENST00000551420 836 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 AC067852.1-201ENST00000585572 594 ntTSL 4 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SMAD4Q13485 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22 ms