Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 MRPL2-201ENST00000230413 899 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AC025259.3-201ENST00000564531 542 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 DBI-201ENST00000311521 714 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 BCRP1-201ENST00000444246 691 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AC109322.1-201ENST00000524499 1264 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 ERCC1-212ENST00000591636 836 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 C5orf66-202ENST00000507641 547 ntTSL 3 BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 LINC02242-201ENST00000507298 641 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AC064807.1-203ENST00000520357 575 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 GHRHR-205ENST00000409904 1613 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms