Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 MAP2K5-201ENST00000178640 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SAMD4A-204ENST00000554335 3003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 POU4F2-201ENST00000281321 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 NADSYN1-201ENST00000319023 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 PRCC-201ENST00000271526 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 RAB35-201ENST00000229340 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ACAT2-201ENST00000367048 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms