Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 CLYBL-203ENST00000376355 6771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS4AQ9UN37 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 99.6 ms