Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS28Q9UK41 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.5 ms