Protein–RNA interactions for Protein: Q96EP1

CHFR, E3 ubiquitin-protein ligase CHFR, humanhuman

Predictions only

Length 664 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHFRQ96EP1 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 HMGN1P19-201ENST00000436976 333 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHFRQ96EP1 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CHFRQ96EP1 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.7 ms