Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USF3Q68DE3 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.1 ms