Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 CAMKMT-204ENST00000407131 652 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 BAX-206ENST00000415969 540 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AP006333.1-201ENST00000543817 575 ntTSL 4 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AC005498.2-205ENST00000593218 784 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.2 ms