Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 TEX261-201ENST00000272438 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 SORT1-201ENST00000256637 7028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms