Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZR4

VSX1, Visual system homeobox 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 365 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VSX1Q9NZR4 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
VSX1Q9NZR4 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC21.78■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VSX1Q9NZR4 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.07
VSX1Q9NZR4 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms