Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP28Q96RU2 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP28Q96RU2 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
USP28Q96RU2 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
USP28Q96RU2 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.7 ms