Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SDC1P18827 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SDC1P18827 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SDC1P18827 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SDC1P18827 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SDC1P18827 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SDC1P18827 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SDC1P18827 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SDC1P18827 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SDC1P18827 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SDC1P18827 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SDC1P18827 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SDC1P18827 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SDC1P18827 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
SDC1P18827 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SDC1P18827 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SDC1P18827 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SDC1P18827 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SDC1P18827 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
SDC1P18827 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SDC1P18827 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SDC1P18827 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SDC1P18827 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SDC1P18827 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SDC1P18827 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SDC1P18827 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SDC1P18827 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SDC1P18827 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SDC1P18827 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
SDC1P18827 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SDC1P18827 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SDC1P18827 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SDC1P18827 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SDC1P18827 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SDC1P18827 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SDC1P18827 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SDC1P18827 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SDC1P18827 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SDC1P18827 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SDC1P18827 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SDC1P18827 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SDC1P18827 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SDC1P18827 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SDC1P18827 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SDC1P18827 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SDC1P18827 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SDC1P18827 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SDC1P18827 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SDC1P18827 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SDC1P18827 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SDC1P18827 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SDC1P18827 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SDC1P18827 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SDC1P18827 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
SDC1P18827 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SDC1P18827 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SDC1P18827 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SDC1P18827 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SDC1P18827 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SDC1P18827 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SDC1P18827 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SDC1P18827 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SDC1P18827 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SDC1P18827 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SDC1P18827 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SDC1P18827 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
SDC1P18827 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SDC1P18827 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
SDC1P18827 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SDC1P18827 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SDC1P18827 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SDC1P18827 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SDC1P18827 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SDC1P18827 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SDC1P18827 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SDC1P18827 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SDC1P18827 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SDC1P18827 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SDC1P18827 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SDC1P18827 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SDC1P18827 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SDC1P18827 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SDC1P18827 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SDC1P18827 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SDC1P18827 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SDC1P18827 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SDC1P18827 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SDC1P18827 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SDC1P18827 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SDC1P18827 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SDC1P18827 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SDC1P18827 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SDC1P18827 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SDC1P18827 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SDC1P18827 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SDC1P18827 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
SDC1P18827 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SDC1P18827 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SDC1P18827 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SDC1P18827 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 132.2 ms