Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP4AQ9BY43 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.9 ms