Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R14A-203ENST00000587515 607 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AC012645.4-201ENST00000610691 1061 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 CABP5-201ENST00000293255 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 CKLF-203ENST00000351137 508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 EDF1-203ENST00000371649 790 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AC011473.4-202ENST00000250366 1602 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 C16orf92-201ENST00000300575 895 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AL390955.2-201ENST00000603032 514 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC9Q9Y3X0 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.9 ms