Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC21.02■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 NADSYN1-201ENST00000319023 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 CADM3-201ENST00000368124 2546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 UQCC3-202ENST00000531323 2288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMCH1Q9UPQ0 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.4 ms