Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ADIRF-AS1-201ENST00000418273 2627 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
SDC1P18827 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SDC1P18827 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms