Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AC025259.3-201ENST00000564531 542 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms