Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 AC025259.3-201ENST00000564531 542 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS54Q9P1Q0 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms