Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 AC022210.1-201ENST00000449856 793 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 GS1-24F4.2-201ENST00000500823 1110 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 AC020659.2-202ENST00000512295 513 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 GGTLC2-202ENST00000448514 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 AC007333.1-201ENST00000568286 630 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 PLSCR4-204ENST00000446574 1442 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 C19orf24-202ENST00000469144 668 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 TMEM219-203ENST00000561899 1249 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 RAMP2-202ENST00000587142 549 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 RAMP2-203ENST00000588576 573 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL6A3P12111 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 ZNF815P-202ENST00000422825 805 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 IGHV3-42-201ENST00000520410 361 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 AC129507.3-201ENST00000571512 913 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 DHRS4-205ENST00000558263 1089 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 SGK2-207ENST00000426287 1182 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 IGFLR1-211ENST00000592889 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 AC007952.1-202ENST00000399083 1173 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 INE1-201ENST00000456273 945 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 PFAS-212ENST00000625942 396 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 AC106017.2-201ENST00000631194 1173 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 AC020907.1-201ENST00000616460 1350 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 TRPM2-208ENST00000621064 1669 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 TMEM14DP-201ENST00000422205 345 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 XRCC3-210ENST00000554974 575 ntTSL 4 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 SSH2-210ENST00000582084 560 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 AC120498.3-201ENST00000568884 542 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A3P12111 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.8 ms