Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.6 ms