Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 PIGBOS1-201ENST00000436697 866 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 RPS15P9-201ENST00000494093 319 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 LAT-209ENST00000564277 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC22.52■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 AC005281.1-201ENST00000433040 911 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms