Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 MPV17L-201ENST00000287594 5820 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 HECTD2-204ENST00000446394 4939 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SYNE3Q6ZMZ3 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC21.08■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SYNE3Q6ZMZ3 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.4 ms