Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 NHS-201ENST00000380060 8761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
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