Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 TAF8-206ENST00000472818 719 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 LST1-202ENST00000303757 604 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 SNHG28-203ENST00000621242 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 CASK-203ENST00000378163 4411 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 EDF1-203ENST00000371649 790 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 GSAP-205ENST00000430584 600 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 STK24-203ENST00000397517 4578 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 RAB3A-202ENST00000464076 1253 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SPTA1P02549 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.1 ms