Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 DIABLO-206ENST00000443649 2250 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.7 ms