Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
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COL9A3Q14050 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
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COL9A3Q14050 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
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COL9A3Q14050 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL9A3Q14050 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
COL9A3Q14050 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC21.08■□□□□ 0.96
COL9A3Q14050 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
COL9A3Q14050 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
COL9A3Q14050 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
COL9A3Q14050 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL9A3Q14050 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL9A3Q14050 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL9A3Q14050 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL9A3Q14050 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL9A3Q14050 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL9A3Q14050 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
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